Rôle fonctionnel et écologie des Euryarchaeota non cultivables, des Archaea essentielles dans les écosystèmes aquatiques – EUREKA

L’objectif principal de ce projet est de découvrir le rôle et l’importance dans le fonctionnement des écosystèmes aquatiques de groupes d’Euryarchaeota clefs. Les Euryarchaeota sont avec les Thaumarchaeota (anciennement classés au sein Crenarchaeota), les principaux embranchements appartenant aux Archaea. Les Archaea étaient considérés comme des microorganismes spécialisés confinés à des habitats à température élevée, haute salinité, anoxiques ou aux environnements acides. Cependant, leur importance dans le fonctionnement des écosystèmes oxiques aquatiques est apparue clairement ces dernières années. Les Thaumarchaeota, en particulier, sont maintenant reconnus comme des acteurs clefs dans l’oxydation de l’ammoniac et peuvent concurrencer les bactéries dans le métabolisme de l’azote. En contraste de l’effort de recherche consenti par la communauté internationale sur les Thaumarchaeota dans les environnements aquatiques, très peut de choses sont connues sur les métabolismes et l’écologie des Euryarchaeota de ces milieux oxiques. Ce manque d’information est certainement un frein à la connaissance des flux de matière et d'énergie dans les milieux aquatiques dans lesquels les Euryarchaeota sont, dans de nombreux cas, plus abondants que les Taumarchaeota. Ainsi, si des progrès ont été réalisés ces dernières années dans les domaines de la biodiversité et de la dynamique spatiale et temporelle des Euryarchaeota, le rôle de ces microbes énigmatiques reste encore inconnu. L'objectif principal de ce projet est donc de découvrir les métabolismes, la distribution et l'activité des groupes les plus répandus d’Euryarchaeota non cultivés. Nous ciblerons le Marine Groupe II (a et b) qui est particulièrement abondant dans les écosystèmes marins, et les groupes LDS et RC-V qui sont présents et actifs dans les écosystèmes d'eau douce. L'objectif de ce projet unique est aussi innovant d'un point de vue méthodologique puisqu'il combine un éventail de méthodes de pointe avec une approche allant de la molécule à l'échelle de la communauté, et des données in silico à des vérifications in situ. Nous utiliserons des approches complémentaires de « data mining », « single cell » genomics et de métagénomique environnementale permettant de construire une base solide pour la réalisation du projet et ainsi apporter de nouvelles connaissances sur l'écologie des Euryarchaeota. Ces connaissances et/ou nouvelles hypothèses seront ensuite testées dans l’environnement grâce à des études conduites sur différents écosystèmes aquatiques.