Phlebovirus émergents autour de la Méditerranée – PHLEBO-MED

Les phlébovirus transmis par les phlébotomes sont une cause majeure de maladies humaines en Italie, France et Espagne. Le virus Toscana est parmi les 3 causes principales de méningites en période estivale dans ces pays. Aucune étude n'a été publiée dans les pays au sud de la Méditerranée. Les partenaires de PHLEBO-MED ont publié les premiers résultats démontrant que les phlébovirus circulent en Algérie et infectent l'homme. Cependant, peu de virus ont été étudiés à cause du manque de données génétiques et d'outils de détection ou de diagnostic.
Les objectifs de PHLEBO-MED sont de déterminer les séquences complètes de 14 phlebovirus isolés en région méditerranéenne, d'utiliser ces séquences pour développer des outils de détection moléculaire et sérologique, de tester des pools de phlébotomes capturés dans diverses régions de France, Algérie et Tunisie, de développer des méthodes moléculaires d'identification des phlébotomes et de découvrir et caractériser de nouveaux phlébovirus.PHLEBO-MED a pour but d'augmenter de manière significative les connaissances concernant les phlebovirus transmis par les phlébotomes en zone méditerranéenne par une approche transdisciplinaire impliquant des virologues et des entomologistes et combinant des activités de laboratoire et de terrain.
PHLEBO-MED est composé de 6 workpackages (WP).
1. Génomique des phlébovirus circulant en région méditerranéenne: 14 virus seront séquencés complètement (génome complet). Les nouveaux phlébovirus découverts durant le projet seront aussi caractérisés par séquençage complet.
2. Mise au point d'outils de détection/diagnostic moléculaire des phlébovirus en zone méditerranéenne et application au dépistage des phlébovirus dans les pools de phlébotomes capturés pendant le projet.
3. Mise au point d'outils moléculaires pour l'identification taxonomique des phlébotomes comme alternative à l'identification morphologique.
4. Captures de phlébotomes dans des zones géographiques sélectionnées dans le sud de la France, en Algérie et en Tunisie à visée d'inventaire entomologique et virologique.
5. Découverte de nouveaux phlébovirus, isolement en culture cellulaire et caractérisation génétique et antigénique. Les pools de phlébotomes capturés sur le terrain seront testés avec les outils développés dans le WP2. Les produits de PCR seront séquencés pour identification, le matériel sera utilisé pour inoculation en culture cellulaire pour isolement viral et séquençage complet comme décrit dans le WP1. Les séquences des nouveaux virus seront basculées dans le WP2 pour développement de tests spécifiques.
6. Des études de séroprévalence humaines seront réalisées par techniques à réactivité large (immunofluorescence et ELISA) et confirmées par des techniques spécifiques (séroneutralisation). Ces études seront réalisées à partir de sérums collectés chez des sujets en bonne santé ou des donneurs de sang (consentement éclairé) pour évaluer l'impact de ces virus dans les populations humaines. Augmentation significative des données de génomique des phlébovirus (14 séquences de virus isolés et les séquences de tous les virus isolés (évalués à 10 virus) durant le projet (4 séquence complète déposées dans Genbank à ce jour). Mise au point de tests de détection moléculaire spécifiques et génériques. Mise au point d'une méthode moléculaire d'identification des phlébotomes comme alternative de la technique morphologique. Cartographie des phlébovirus à partir des données moléculaires et sérologiques. Evaluation de la circulation des phlébovirus à partir des données de séroprévalence et des test de confirmation.