Identification de nouveaux gènes-cibles pour le développement de stratégies spécifiques dirigées contre les nématodes parasites de plantes – NEMATARGETS

Les nématodes parasites de plantes (PPN) sont capables d’infecter presque toutes les cultures économiquement importantes et sont responsables de pertes estimées au niveau mondial à plusieurs milliards d’euros par an. Jusqu’à une période très récente, les nématicides chimiques représentaient un des moyens les plus importants pour contrôler les populations de nématodes. Cependant, ces composés sont non spécifiques, notoirement toxiques et constituent une grave menace pour l'écosystème du sol, les eaux souterraines et la santé humaine. En outre, les consommateurs sont devenus de plus en plus sensibles à la mise en place d’une agriculture compétitive produisant une nourriture sûre et respectueuse de l’environnement. Ainsi la totalité des substances nématicides a été progressivement interdite au cours de ces dernières années. Face à cette situation, il devient nécessaire et urgent d’identifier de nouvelles cibles originales et spécifiques pour développer de nouvelles stratégies de lutte contre les PPN. Ces stratégies incluent aussi bien le développement de nouvelles drogues plus spécifiques et plus sûres que la création de nouvelles plantes résistantes aux nématodes. L’analyse du premier génome de PPN, le nématode à galles Meloidogyne incognita, a permis de mettre en évidence des gènes «spécifiques » qui pourrait constituer des cibles potentielles pour le développement de stratégies anti-parasitaires. Pour confirmer la pertinence de ces gènes comme cibles potentielles pour lutter contre les PPN, nous proposons de générer des données de génomique/transcriptomique à haut débit chez d’autres espèces PPN pour lesquelles peu de données ont été produites à grande échelle. Le postulat de base est que si les gènes candidats identifiés chez M. incognita sont plus largement conservés chez d’autres PPN, mais restreints uniquement à ces groupes de nématodes, ces gènes peuvent alors être considérés comme jouant un rôle important dans le cycle de vie de ces parasite de plantes. L’analyse bio-informatique nous permettra d’identifier les candidats les plus prometteurs en fonction de leurs profils de présence/d'absence, de leurs degré de conservation et de leurs niveaux relatifs d'expression. Par la suite ils seront validés par une analyse fonctionnelle avec des expériences de localisation et d'inactivation d'ARN.chez M. incognita. L’objectif du projet NEMATARGETS est de combiner une analyse détaillée du génome de M. incognita avec la génération et l'analyse de données du transcriptome à grande échelle de quatre autres nématodes parasites de plantes. Cette approche présente le double avantage d’être moins onéreuse que le séquençage entier des génomes de ces espèces de nématodes et de fournir une validation des gènes candidats par la mise en évidence de leur expression. Ce projet développera une approche multidisciplinaire combinant la bio-informatique et la génomique fonctionnelle sur des données de génomique à grande échelle produites chez des nématodes ayant des stratégies de parasitisme différentes.