Outils innovants pour favoriser, en toute sécurité, l'utilisation des microorganismes naturels dans l'alimentation – FOOD-MICROBIOMES

Les produits fermentés, comme les fromages, sont produits par l'action de flores complexes dont une partie est inoculées par les producteurs. Cependant, pour beaucoup de fromages, une grande proportion de la flore présente dans les produits finis provient de microorganismes de l'environnement fermier ou du site de production. En Europe, l'EFSA conduit une consultation pour promouvoir un cadre législatif, nommé “Qualified Presumption of Safety” (QPS) pour l'utilisation des microorganismes définis inoculés par les producteurs. L'EFSA a publié une opinion et une liste préliminaire d'espèces bactériennes et de levures pour lesquelles un statut QPS serait recevable. Cependant, aucun champignon filamenteux n'a été jugé admissible du fait du manque de connaissances permettant leur traçabilité ou concernant leur innocuité. Les microorganismes peu étudiés, car entrant dans la fabrication de produits locaux ou à faible volume de production, sont dans la même situation. Cependant, ils sont parfois nécessaires à l'élaboration de ces produits.
L'évolution des procédés dans leur filière pourrait nécessiter l'inoculation de nouveaux microorganismes dans le futur. Cette utilisation les poussera probablement dans le champ de la future réglementation. Lors d'études prospectives sur l'impact qu'une règlementation basée sur le principe QPS aurait sur la filière du lait, le groupe RESOMIL a soulevé les problèmes possibles qui seront conséquents au manque de connaissance sur plusieurs groupes de microorganismes largement utilisé. En particulier, le manque de connaissance concernant leur identité exacte, leur histoire d'utilisation et leur métabolisme ne permettront pas de leur attribuer un statut «QPS». De plus, la possibilité de développer de nouveaux produits à petite ou moyenne échelle avec ces microorganismes pourrait être considérablement bridée par une réglementation très restrictive.
Plus généralement, il a été trouvé que, pour de nombreux microorganismes inoculés ou se développant « spontanément» dans les procédés, l'état des connaissances n'est pas à un niveau satisfaisant au regard des principes de qualité et de sécurité que les producteurs veulent assurer aux consommateurs. Afin d'assurer le développement et l'exploitation en toute sécurité du fort potentiel d'innovation que présente la grande variété de microorganismes existant dans l'alimentation, il est nécessaire d'établir et de consolider un « corpus de connaissance » sur les écosystèmes alimentaires, en particulier pour les microorganismes encore peu, voire pas étudiés.
Dans ce projet, nous allons :
(i) développer une approche innovante basée sur les nouvelles capacités de séquençages à très haut débit pour construire une base de données des signatures nucléiques du « microbiome » de 40 fromages du patrimoine français et européen. Elle constituera une référence pour l'étude des écosystèmes fromagers.
(ii) Développer des outils qui faciliteront l'évaluation de l'innocuité des microorganismes quelle que soit la réglementation.