– RARHePy

"Ces dernières années de nombreuses recherches ont montré l'importance de petits ARN dans la régulation de l'expression des gènes. Le séquençage complet de nombreux génomes a permis la découverte ces séquences, dont les tailles varient de 20 à 500 nucléotides, chez différents organismes, des bactéries aux mammifères. Parallèlement aux cascades de signalisation aboutissant à l'activation d'un facteur de transcription protéique, les petits ARN (notamment les miARNs) ont émergé comme une nouvelle classe de régulateurs de l'expression de gènes au niveau post-transcriptionnel. Chez les bactéries c'est une autre classe de petits ARNs non codants qui ont été récemment identifiés. Ces sRNAs sont exprimés à partir des régions intergéniques du génome et souvent en réponse à un stress ou à un changement d'environnement de la bactérie. De la même manière que les miARNs chez les eucaryotes, ils sont capables de réguler sélectivement l'expression d'un ou plusieurs gènes en modulant la traduction et/ou la stabilité des ARNm correspondants. - La plupart des petits ARN bactériens découverts jusqu'à aujourd'hui l'ont été chez Escherichia coli. Cependant récemment, de nombreux sRNA ont été identifiés chez des bactéries pathogènes pour l'homme du type Staphylococcus aureus et Listeria monocytogenes. Afin de parvenir à infecter leur hôte, ces bactéries pathogènes doivent contrôler de manière très précise l'expression de leur gène de virulence et utilisent très probablement ces petits ARN pour y parvenir. - L'objectif de notre projet est de rechercher si des petits ARN non codants ainsi que des motifs ARN sont impliqués dans la régulation de l'expression des gènes de virulence d'une bactérie pathogène pour l'homme, Helicobacter pylori. Cette bactérie est l'agent étiologique des gastrites chroniques, des ulcères gastroduodénaux et joue un rôle majeur dans la genèse des néoplasies gastriques. Cinquante pour cent de la population mondiale est infectée par H. pylori : 10 % des personnes infectées développeront un ulcère duodénal et 1 % une néoplasie gastrique (9 000 nouveaux cas par an de cancer gastrique en France). L'estomac humain, réservoir naturel dans lequel H. pylori survit, persiste et se multiplie de façon extracellulaire, est le siège d'une réponse inflammatoire plus ou moins exacerbée à l'origine des lésions de la muqueuse et des dommages génotoxiques infligés aux cellules épithéliales gastriques. Malgré la mise en place d'un traitement antibiotique efficace H. pylori continue d'être l'une des affections bactériennes humaines les plus importantes. La résistance aux antibiotiques ainsi que la complexité des différents facteurs de colonisation rend difficile la lutte contre cet agent infectieux. En effet il semble que la bactérie H. pylori soit très sensible aux différents stimuli présents dans son environnement. Cependant, bien qu'un très grand nombre de facteurs de colonisation et de pathogénicité aient été pour la plupart très bien identifiés, les mécanismes moléculaires de régulation de l'expression de ces gènes demeurent inconnus. - L'objectif de notre projet est d'identifier la fonction des nouveaux sRNA récemment découvert chez H. pylori et d'étudier le rôle de ces ARN dans le contrôle de l'expression des gènes de virulence. Au moyen d'une approche expérimentale (RNomics), nous espérons identifier des petits ARN régulateurs spécifiquement exprimés lors de l'infection de l'estomac - ou lorsque la bactérie est en contact avec des cellules épithéliales gastriques. Dans la seconde partie de notre projet, nous chercherons à identifier les cibles de ces sRNA (ARNm, protéines, autres composants cellulaires) en utilisant plusieurs approches complémentaires : protéomique comparative, recherche de complémentarité par bioinformatique, identification de protéines associées aux sRNA. L'identification de nouveaux ARN régulateurs ainsi que l'élucidation des mécanismes de régulation dont ils sont responsables devraient permettre à terme la validation de...