Domestication et diversité génomique (SNPs) actuelle et ancienne : Application au bœuf et aux petits ruminants – CHRONOBOS

La diversité génétique d'une espèce conditionne la potentialité de sélectionner dans le futur des races selon des impératifs encore inconnus, par exemple la résistance à des maladies encore non déclarées. Il est donc important pour l'avenir de connaître la diversité actuelle afin de mieux la protéger dans le futur et de la maintenir à un niveau élevé. Si la diversité génétique de la plupart des mammifères domestiques actuels (à l'exception du mouton) est relativement bien connue en ce qui concerne l'ADN mitochondrial, elle l'est beaucoup moins du côté du génome nucléaire puisque pratiquement seuls des marqueurs neutres (microsatellites) ont été analysés.
Dans un premier temps, notre projet vise donc à identifier plusieurs marqueurs nucléaires variables selon les races bovines, c'est-à-dire potentiellement sélectionnés selon des critères phénotypiques ou de résistance, nous permettant d'avoir une meilleure image de la diversité génomique. Ainsi, plus d'une douzaine de gènes candidats seront séquencés sur un large échantillonnage de bovins, incluant notamment des races rustiques, afin de mettre en évidence des SNP diagnostiques. Ceci sera également appliqué aux moutons et aux chèvres dans un but comparatif.
Dans un second temps, nous proposons une approche innovante : utiliser la paléogénétique pour tenter d'évaluer la diversité passée des espèces domestiques à la fois dans le temps et l'espace, notamment depuis les débuts de la domestication au Proche-Orient il y a 11 000 ans jusqu'à sa diffusion en Europe au Néolithique par les voies danubienne et méditerranéenne, voir africaine pour le boeuf. L'approche paléogénétique a une plus grande chance d'aboutir quand le nombre de copies de l'ADN analysé est élevé, comme c'est le cas pour l'ADN mitochondrial. Pour cette raison, nous commencerons par compléter les études de la diversité mitochondriale déjà réalisées chez les bovins et initiés chez les petits ruminants. Cette étude nous permettra d'identifier des échantillons dont l'ADN est relativement bien conservé, et donc de regarder ensuite la diversité nucléaire présente chez ces espèces par le biais des marqueurs nouvellement déterminés (SNP). Cette approche de paléogénétique s'effectuera en étroite collaboration avec des archéozoologues, puisqu'elle nécessite de travailler sur des fossiles clairement déterminés (individus sauvages ou domestiques) et sur des sites archéologiques pertinents pour la question posée.
Ces deux approches, la production de données génétiques modernes et anciennes, seront complétées par une approche paléo-parasitologique visant le suivi des parasites inféodés aux trois espèces domestiques étudiées (bœuf, chèvre, mouton) sur les deux voies de diffusion, afin de corréler une éventuelle diminution de la diversité génétique à une exposition des populations domestiques à ces parasites durant ce processus.
L'objectif de ce projet est donc d'améliorer nos connaissances de la diversité des espèces domestiques afin qu'elle puisse être mieux prise en compte pour la conservation et la sélection de nouvelles races. Ce projet propose pour cela une approche innovante et très interdisciplinaire basée sur la complémentarité de 4 équipes spécialisées en génétique des populations actuelles, paléogénétique et archéozoologie.